O INSS do empregado é um encargo a ele atribuído e o não desconto pode gerar alguns transtornos para o empregador em caso de eventual litígio.
Esse procedimento pode gerar o reajustamento da base de cálculo de incidência previdenciária, com possíveis reflexos nos cálculos de férias, 13º etc...
Isso se deve ao fato que o salário pago, pode ser considerado como se fosse líquido, provocando o cálculo de um novo salário bruto.

Veja o exemplo abaixo:

Situação usualmente praticada:

Salário pago	INSS empregado	INSS empregador	INSS recolhido
360,00	27,54	43,20	70,74

Como no caso acima o empregador não efetuou o desconto, o valor pago poderia ser considerado o valor líquido e neste caso caberia o reajustamento da base salarial, de forma que o valor liquido pago seria o resultado do salário bruto reajustado, diminuido do INSS devido pelo empregado recalculado.

Salário bruto	INSS empregado	INSS empregador	INSS reajustado
389,82	29,82	46,78	76,60

Desta forma, o recolhimento ao INSS teria sido menor em R$ 5,86.